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云南大學研究團隊發現穿山甲新物種
近日，云南大學省部共建云南生物資源保護與利用國家重點實驗室于黎研究員、胡靖揚助理研究員在國際頂級醫學期刊《美國國家科學院院刊》（PNAS）雜志上在線發表了一篇題為《基因組分析揭示了一個神秘的穿山甲物種》的文章。研究團隊基于目前最大規模的穿山甲群體基因組學數據，并聯合穿山甲鱗片的形態學分析，證實了一個新的穿山甲物種的存在，極大地刷新和擴展了目前對穿山甲物種多樣性和演化歷史的認知。
在查獲樣品中發現的穿山甲新物種鱗片。圖片來源：楊鋒(中國香港特別行政區嘉道理農場植物園)
穿山甲（pangolin）是世界上非法貿易最嚴重的野生哺乳動物，包括8個穿山甲物種（4個亞洲穿山甲：馬來穿山甲、中華穿山甲、印度穿山甲和菲律賓穿山甲；4個非洲穿山甲：樹穿山甲、長尾穿山甲、大穿山甲和南非穿山甲）。所有穿山甲均已被列入IUCN瀕危物種紅色名錄。云南大學于黎研究員團隊和香港嘉道理農場暨植物園張華榮博士團隊在對云南和香港分別查獲的非法貿易的穿山甲鱗片進行分子物種鑒定時，都發現了不同于已知的8個穿山甲物種的新的線粒體單倍型，提示可能存在穿山甲新物種。進一步對所有已知的穿山甲物種和可能的新物種進行了鱗片形態特征比較以及138個個體的群體基因組分析，證實其為新的亞洲穿山甲物種，即世界第九種穿山甲，并將其命名為Manis mysteria（the Asian mysterious pangolin），而這距離上一個穿山甲物種--菲律賓穿山甲的發現已過去百年。
研究團隊首先通過對這一神秘物種的鱗片的形態特征分析發現其具有典型亞洲穿山甲特征，不具有非洲穿山甲的特征，據此將其歸類于亞洲穿山甲。
基于8個已知穿山甲物種和新物種的基因組數據進行的系統發育樹構建（A和B)、基因組差異比較（C）、物種界定分析（D）、基因組分化島分析（E）、群體歷史重構（F）、遺傳多樣性分析（G）、近交水平評估（H）、和有害突變評估（I和J）
隨后，研究團隊從基因組學視角，開展了系統發育樹構建、基因組差異比較、物種劃界、基因組分化島和分歧時間估算等分析，所有結果都支持這一新發現的類群是不同于目前已知的所有八個穿山甲物種的新物種，即世界第九種穿山甲，第五種亞洲穿山甲。該物種早在500多萬年前就與菲律賓穿山甲和馬來穿山甲分化。種群歷史分析發現該物種受更新世冰川作用和近期人類活動的影響，經歷了兩次瓶頸效應，表現為與已知穿山甲物種不同的進化歷史。由于目前發現的新物種均來自查獲的鱗片，提示著新物種與其他穿山甲物種一樣，也正在經歷著非法狩獵和非法貿易的嚴重威脅，加速了其種群數量的縮減。基因組特征分析顯示，新物種在所有穿山甲物種中呈現出相對較低的遺傳多樣性，較高水平的近交程度和有害突變積累，也再次提示其種群數量較少，演化潛力低，與其他穿山甲物種一樣面臨類似的生存困境。因此，迫切需要盡快找到該物種，并制定科學合理的保護措施。研究人員提出該新物種的兩個可能的分布地，一個是基于研究分析中檢測到新物種與中華穿山甲和印度穿山甲之間曾經發生過基因交流，提出了新物種的分布地可能與這兩個物種的分布地重疊或相鄰；另一個是由于香港和云南查獲的亞洲穿山甲主要來自東南亞島嶼，而且新物種又是和其他亞洲穿山甲一起被查獲，提出東南亞島嶼也可能是其潛在的分布地。
云南大學于黎研究員、胡靖揚助理研究員，香港嘉道理農場暨植物園張華榮博士，北京大學羅述金研究員為論文的共同通訊作者，云南大學谷桐桐博士為論文的第一作者。（記者 陳怡希）
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