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研究首次對新冠病毒6大毒株進行跟蹤分析:G株占主導,L型和V型正在逐漸消失

媒體:前瞻網  作者:內詳   專業號:孫瑩 2020-08-05

科學家們目前已經從新冠病毒中分離出至少6個不同的毒株。他們表示,盡管病毒發生了變異,但幾乎沒有變化,這對正在研制可行疫苗的研究人員來說是個好消息。

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這些是對新冠病毒測序進行的最廣泛的研究的結果。博洛尼亞大學(the University of Bologna)的研究人員對48,635個病毒基因組進行了分析,這些基因組是由世界各地實驗室的研究人員分離出來的。這項研究發表在《微生物學前沿》(Frontiers in Microbiology)雜志上,題為“Geographic and Genomic Distribution of SARS-CoV-2 Mutations”。

新冠病毒6大毒株

在這些基礎上,研究人員就有可能繪制出病毒傳播到各大洲期間發生的傳播和變異。初步結果令人鼓舞:新冠病毒幾乎沒有變化,每個樣本大約有7個突變。普通流感的變異性率則達到了新冠病毒變異率的兩倍多。

“新冠病毒可能已經優化到可以影響人類,這就解釋了它的低進化變化,”尤尼博研究員、這項研究的協調員費德里科·喬吉(Federico Giorgi)解釋說:“這意味著我們正在開發的治療方法——包括疫苗,可能對所有的病毒毒株都有效。”

目前,新冠病毒共有六種毒株。最早的是L型菌株,于2019年12月在武漢出現。它的第一個突變株S株出現在2020年初。而從2020年1月中旬開始,我們已經有了V株和G株。到目前為止,G株是最廣泛的:它在2020年2月底突變為GR株和GH株。

“到目前為止,G株及其相關的GR和GH株傳播最廣,占我們分析的所有基因序列的74%,”Giorgi說。“他們出現了四種突變,其中兩種能夠改變病毒的RNA聚合酶和刺突蛋白的序列。這一特征可能促進了病毒的傳播。”

新冠病毒6大毒株

如果我們看看冠狀病毒分布圖,就會發現菌株G和GR在歐洲和意大利最常見。根據現有的數據,生長突變在意大利幾乎不存在,而在法國和德國出現的頻率更高。這似乎證實了上個月采取的控制措施的有效性。

在北美,最廣泛的毒株是GH;而在南美洲,GR毒株更常見。在武漢L菌株最初出現的亞洲地區,G、GH和GR的傳播呈上升趨勢。這些病毒在歐洲傳播一個多月后,于3月初才登陸亞洲。

從全球范圍來看,菌株G、GH和GR不斷增加。在美國和西班牙的一些限制地區可以發現S菌株。而L型和V型菌株正在逐漸消失。

新冠病毒6大毒株

除了這6種主要的新冠病毒毒株之外,研究人員還發現了一些不常見的突變,這些突變目前并不令人擔憂,但仍應加以監測。

具體而言,在測序完整病毒基因組數量最高的前40個國家中(圖1C),與世界平均水平相比,以下國家的每個樣本中觀察到的突變數量略有但明顯更高:印度(8.40),剛果(8.30),孟加拉國(9.83)和哈薩克斯坦(9.47)。另一方面,來自以下國家或地區的序列顯示出較低的突變負擔:德國(6.09),日本(4.55),意大利(5.92),希臘(5.91),中國香港(5.00)和肯尼亞(5.38)。必須注意的一點是,一些抽樣偏差可能會影響這一比較:例如,一些國家在大流行的早期階段產生了最高數量的序列(如意大利),因此可能只觀察到了較少的突變。

新冠病毒6大毒株

圖1:(A)所有SARS-CoV-2基因組樣本的突變事件數量分布。(B)每個樣本的突變數分布,按大陸劃分。(C)標志了在全國范圍內進行分層,使用40個測序基因組最多的國家。

“罕見的基因組突變不到全部測序基因組的1%,”Giorgi證實。“然而,我們對它們進行研究和分析是最基本的,這樣我們就可以確定它們的功能并監測它們的傳播。所有國家都應該通過提供有關病毒基因組序列的數據,為這一領域做出貢獻。”

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